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Rf1病毒

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Rf1病毒
病毒分类 编辑
(未分级) 病毒 Virus
域: 核糖病毒域 Riboviria
界: 正核糖病毒界 Orthornavirae
门: 小核糖病毒门 Pisuviricota
纲: 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目: 套式病毒目 Nidovirales
科: 冠状病毒科 Coronaviridae
属: 乙型冠状病毒属 Betacoronavirus
亚属: SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus
种:
Rf1病毒 SARSr-CoV
毒株
Rf1病毒 Rf1

蝙蝠冠状病毒Rf1(Bat SARS CoV Rf1/2004)是严重急性呼吸道综合征相关冠状病毒(SARSr-CoV)的一个病毒株,为SARS-CoV相关病毒,在中国湖北马铁菊头蝠样本中发现,于2005年发表。

发现

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2004年3月至11月,研究人员在中国广东天津广西湖北四省市采集蝙蝠样本,在湖北宜昌马铁菊头蝠的粪便样本中发现SARS相关病毒,即Rf1病毒,于2005年和Rp3病毒Rm1病毒一起被发表[1]

基因组

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Rf1病毒的基因组长29709nt[2],序列与SARS-CoV的相似度为87.8%[3],其ORF8和人类以外的大多数SARSr-CoV一样有一段长29nt的插入序列,为一完整的开放阅读框,人类的ORF8则因缺少此序列而被分成8a与8b两个较小的开放阅读框。Rf1与人类SARS病毒ORF8辅助蛋白大小完全相同(由122个氨基酸组成),两者氨基酸序列相似度为80%,相较之下Rp3与Rm1和SARS-CoV的ORF8氨基酸序列相似度仅有35%,但在刺突蛋白的S1区域,Rf1与Rp3及Rm1的关系比与SARS-CoV的关系接近,显示这些病毒曾有基因重组发生[1]。另外Rf1与许多蝙蝠SARSr-CoV一样在刺突蛋白的受体结合结构域(receptor binding domain, RBD)有两段分别长5和12个氨基酸的序列缺失(但不见于WIV1病毒SHC014病毒[4]

演化树

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截至2021年1月 (2021-01)SARS-CoV与相关病毒株的系统发生树

16BO133 与SARS-COV相似度82.8 % · 马铁菊头蝠 · 韩国全罗北道 (2016年采集、2019年发表)[5]

Rf1 87.8 % · 马铁菊头蝠 · 中国湖北宜昌 (2004年采集、2005年发表)[1]

BtCoV HKU3 87.9 % · 中华菊头蝠 · 香港、中国广东 (2004年采集、2005年发表、2010年又发表若干新病毒株)[6]

LYRa11 90.9 % · 中菊头蝠 · 中国云南保山 (2011年采集、2014年发表)[7]

Rp3 92.6 % · 皮氏菊头蝠 · 中国广西南宁 (2004年采集、2005年发表)[1]

SL-CoV YNLF_31C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中国云南禄丰 (2013年采集、2015年发表)[4]

SL-CoV YNLF_34C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中国云南禄丰 (2013年采集、2015年发表)[4]

SHC014 95.4 % · 中华菊头蝠 · 中国云南昆明 (2011年采集、2013年发表)[8]

WIV1 95.6 % · 中华菊头蝠 · 中国云南昆明 (2012年采集、2013年发表)[8]

WIV16 96.0 % · 中华菊头蝠 · 中国云南昆明 (2013年采集、2016年发表)[3]

果子狸SARS冠状病毒 99.8 % · 果子狸 · 中国广东[6]

SARS-CoV 100 %

SARS-CoV-2 79 %

  蝙蝠病毒
  果子狸病毒
  人类病毒


参考文献

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  1. ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 (英语). 
  2. ^ Bat SARS coronavirus Rf1, complete genome. NCBI. [2021-01-28]. (原始内容存档于2021-04-13). 
  3. ^ 3.0 3.1 Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 编. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X. PMC 4810638可免费查阅. PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15 (英语). 
  4. ^ 4.0 4.1 4.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 编. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X. PMC 4580176可免费查阅. PMID 26269185. doi:10.1128/JVI.01048-15 (英语). 
  5. ^ Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569. PMC 7089380可免费查阅. PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w (英语). 
  6. ^ 6.0 6.1 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (编). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 (英语). 
  7. ^ He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 编. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China. Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X. PMC 4054348可免费查阅. PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14 (英语). 
  8. ^ 8.0 8.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G. ISSN 0028-0836. PMC 5389864可免费查阅. PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711 (英语).