多物種溯祖過程

多物種溯祖過程（英語：Multispecies Coalescent Process；常簡稱為「MSC」）是一個演化生物學中的隨機過程模型，用於描述多個物種間DNA序列樣本的譜系關係。 它代表了溯祖理論在多物種情形中的應用。單個基因的演化關係（基因樹）常常不同於物種整體的演化歷史（物種樹），因此該過程對於系統發育學的理論與實踐 以及理解基因組演化具有重要意義。

基因樹和物種樹皆為假設演化過程呈二元樹狀的示意圖。基因樹用於描述無重組基因座序列樣本之間的演化關係，而物種樹則描述物種之間的整體演化關係。不完全譜系分選、基因水平轉移等分子演化機制都可能導致基因樹與物種樹出現不一致，而多物種共祖模型作為一種推斷物種系統發育關係的方法框架，可在考慮到基因-物種樹衝突以及祖征多態性的同時推斷物種樹，因而被認為是系統基因組學的一種重要方法。

除了估算物種樹之外，多物種溯祖模型結合基因組數據還可以解決許多生物學問題，例如推斷物種分歧時間、祖先物種的種群規模、物種界定以及跨物種基因流動。