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北方印跡法

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北方印跡法(英語:Northern blot),又稱 RNA 印跡法,是分子生物學生物化學中常用的實驗方法,通過探測樣品中的RNA(或隔離的mRNA)來研究基因表達[1][2]

通過北方印跡法來檢測RNA的流程圖

利用探針偵測由凝膠電泳分離出來的RNA片段,尋找含有特測序列的RNA片段。與南方印跡法相似,RNA樣品經過凝膠電泳後會按照大小分離,然後將樣品從凝膠轉印到膜上,並用與目標序列互補的標記的探針來探測。實驗結果可以根據所用探針的不同,以多種方式來觀察,但大多數都顯示的是樣品中被探測的RNA條帶的相對位置,也就是分子大小;而條帶的強度則與樣品中目標RNA的含量相關。這一方法可以測量目標RNA在不同樣品中的情況,因此已經被普遍用於研究特定基因在生物體中表現的時刻和表現量,也是這類研究中最基本的手段。

發明者是史丹福大學的James Alwine和喬治·斯塔克(George Stark)在1977年發明,其名字是源於第一種印跡技術,南方印跡法(命名者為Edwin Southern[1],兩者很相似,與南方印跡法主要的不同是北方印跡法探測的是RNA分子,而不是DNA分子。[3]

原理

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與南方印跡法相似,膠體可以選用瓊脂凝膠或是聚丙烯酰胺凝膠,被檢測物是RNA,「探針」(probe)是與目標序列互補的RNA、DNA序列或是寡核苷酸,但是探針至少要有25個鹼基對與目標序列互補。

Capillary blotting system setup for the transfer of RNA from an electrophoresis gel to a blotting membrane.

膠體

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RNA樣品通常以含甲醛的瓊脂凝膠電泳來分離,甲醛作為RNA變性劑,將RNA的二級結構變性成一級結構。凝膠內用溴化乙錠(EtBr)染色,可在UV光下觀察到RNA樣品的品質、大小。

實驗步驟

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實驗大至分為鑄膠、跑膠、轉漬、北方雜合反應等幾個部分。

參見

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參考文獻

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  1. ^ 1.0 1.1 Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J. Raff, M., Roberts, K., Walter, P. 2008. Molecular Biology of the Cell, 5th ed. Garland Science, Taylor & Francis Group, NY, pp 538–539.
  2. ^ Kevil, C. G., Walsh, L., Laroux, F. S., Kalogeris, T., Grisham, M. B., Alexander, J. S. (1997) An Improved, Rapid Northern Protocol. Biochem. and Biophys. Research Comm. 238:277–279.
  3. ^ Bor, Y.C.; Swartz, J.; Li, Y.; Coyle, J.; Rekosh, D.; Hammarskjold, Marie-Louise. Northern Blot analysis of mRNA from mammalian polyribosomes. Nature Protocols. 2006. doi:10.1038/nprot.2006.216. 

外部連結

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